会社設立の氏名は日本名と本国名どちらで登記するのですか？

日本名と本国名、どちらのお名前でも法務局に申請することができます。

発起人及び役員に就任する際に印鑑証明書の添付が必要になりますが、氏名欄に本国の名前の下にカッコ書きで日本名が書かれていたり、欄外にカタカナ表記の注釈があるのがこのケースです。
どちらの氏名で法務局に申請をしても登記をすることはできますが、統一する必要があります。